Hacer lo mismo que Aptik, pero sin su interfaz gráfica

En el tema Aptik se explicó como hacer una copia de seguridad de varios apartados, y en éste tema voy a explicar como podemos hacer lo mismo, pero de modo manual, para lo cual es necesario saber en que subdirectorios están guardados cada uno de los módulos de los que podemos hacer copia de seguridad con Aptik
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- Fuentes de Software:a) Para hacer una copia de seguridad de las "fuentes de programas" hay que copiar el archivo /etc/apt/sources.list . b) Para hacer una copia de seguridad de los repositorios que se añaden desde: Synaptic-> Configuración-> Repositorios ->pestaña "otro software" hay que copiar  el directorio /etc/apt/sources.list.d que es el directorio donde se guardan los repositorios de terceros (otro software).

Para obtener una lista completa de los repositorios ppa instalados debemos ejecutar desde terminal la línea de comandos:
grep -i ppa.launchpad.net /etc/apt/sources.list.d/*.list > lista-ppa.txt
De esta forma se crea, en la carpeta de usuario, un fichero de texto, lista-ppa.txt, con la lista completa de repositorios ppa instalados.

- Paquetes descargados:
Los paquetes .deb que hemos ido descargando están en el directorio  /var/cache/apt/archives
 
- Selección de Software:
Para obtener la lista de paquetes instalados por defecto nada mas instalar el sistema debemos ejecutar en la terminal la línea de comandos:
dpkg --get-selections | grep -v deinstall > paquetes-por-defecto.txt
Esto nos genera en /home/usuario un archivo llamado paquetes-por-defecto.txt, el cual contiene la lista que deseamos

Una vez que hemos instalado y desinstalado paquetes para tener a gusto nuestro sistema, para obtener una lista de los paquetes instalados que tenemos en nuestro pc, procederemos ejecutar lo siguiente en una Terminal:
dpkg --get-selections | grep -v deinstall > paquetes-sistema_`date +%d%b%y.txt
Esto nos genera en /home/usuario un archivo llamado paquetes-sistema_fecha.txt, el cual contiene la lista de los paquetes que tenemos instalados en una fecha determinada.

Otra forma de guardar una lista de los programas instalados ( crear el archivo paquetes-totales_fecha)  es desde Synaptic -> seleccionas "Instalados" -> Archivo -> Save markings as -> en la ventana que se abre seleccionas "guardar el estado completo, no solo los cambios" y le pones un nombre a la lista - paquetes-totales_fecha - y le das a guardar en /home/usuario.

Para tener una lista de los paquetes instalados/actualizados/desinstalados con Synaptic ( o con apt-get ) en una fecha determinada, en el directorio /root/.synaptic/log/ se crean archivos con el formato fecha.numero.log ( es decir, por ejemplo /root/.synaptic/log/2014-09-25.001630.log ) con información sobre los paquetes instalados/actualizados/desinstalados con Synaptic en dicha fecha.
Para acceder a dicho directorio tenemos que ejecutar el administrador de archivos con permisos de root.
Si sabemos como se llama exactamente el archivo log, también podemos ver su contenido ejecutando desde la terminal:
sudo gedit /root/.synaptic/log/2014-09-25.001630.log
Pero me parece mas sencillo abrir el administrador de archivos con permisos de root, e ir hasta el directorio y abrir el archivo .log que queramos.

- Configuraciones de Aplicaciones:
Las configuraciones de usuario de las aplicaciones se guardan en subdirectorios ocultos ( los que su nombre empieza por un punto . ) del directorio /home/usuario ; como no hay una regla fija para encontrar el subdirectorio concreto de una aplicación concreta, lo mejor para conservar todas las configuraciones personales de todas las aplicaciones instaladas, es tener una copia de seguridad de todos los directorios ocultos de /home/usuario

- Temas e Iconos:
Temas
Los temas que vienen por defecto, y los que se instalan a través de paquetes .deb se instalan en /usr/share/themes

Los temas que se pueden instalar desde la dirección http://cinnamon-spices.linuxmint.com/themes  se instalan de la siguiente forma: se baja el archivo comprimido correspondiente, y el modo habitual de instalar un tema es descomprimir dicho archivo en la carpeta /home/usuario/.themes de forma que en ella se crea una nueva subcarpeta para cada tema instalado de esta forma.

Iconos:
Los iconos que vienen por defecto, y los que se instalan a través de paquetes .deb se instalan en /usr/share/icons
Los iconos que se puedan instalar desde otras fuentes se guardan como subcarpetas en la carpeta /home/usuario/.icons
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Una vez que sabemos en que directorios esta guardada la información, datos, que queremos salvaguardar, podemos hacerlo bien de forma manual por el método de copia/pega, con un script, o con un programa gráfico como se explica en copia de seguridad con sincronización.
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Para mas información sobre todo ello se pueden consultar los siguientes temas de este mismo blog:

http://hatteras-blog.blogspot.com.es/2014/09/obtener-una-lista-de-ppa-y-paquetes.html

http://hatteras-blog.blogspot.com.es/2010/11/copia-de-seguridad-de-synaptic.html

http://hatteras-blog.blogspot.com.es/2013/06/apt-on-pendrive-script-grafico-para-la.html

http://hatteras-blog.blogspot.com.es/2009/01/aptoncd-crear-un-repositorio-de.html

http://hatteras-blog.blogspot.com.es/2010/11/restaurar-el-sistema-tras-un-desastre.html